Forskningsavdelingen er organisert under Stab Helse. Avdelingen skal stimulere til økt klinisk forskning i Sykehuset Innlandet, i samarbeid med linjeledelsen i hver divisjon. Det er satt av et beløp svarende til 0.25% av totalbudsjettet til forskning. Forskningsavdelingen ledes av forskningssjef Ola E. Dahl.
Det er utarbeidet en forskningsstrategi for Sykehuset Innlandet 2009-2012.